Cognizant Technology Solutions is seeking for Techno Functional SME with core background in Bioinformatics, Transcriptomics and GCP Cloud who could join in our team of IT professionals in a permanent role.
Role: Bioinformatics Engineer – Single-cell & Bulk Transcriptomics
Skill set: Bioinformatics, scRNA-seq, Bulk RNA-seq, GCP, Pipeline Engineering
Must have skill:
· Experience processing scRNA-seq and bulk RNA-seq datasets (10x Genomics, SMART-seq)
· Workflows: Cell Ranger, STARsolo, Kallisto Bustools, Alevin/Alevin Fry, Seurat/Scanpy
· Bulk RNA-seq tools: STAR, HISAT2, Salmon, Kallisto, FastQC, Picard, DESeq2, edgeR, limma
· Pipeline capabilities: FASTQ/BCL ingestion, QC, trimming, alignment/pseudo-alignment
· Gene/transcript quantification, normalization, batch correction and feature selection
· Experience in clustering, dimensionality reduction, DE analysis and trajectory inference
· Pathway enrichment, gene signature identification and biological interpretation
· Integration with metadata (cell types, clusters, experimental conditions)
· Experience integrating immune repertoire pipelines (CDR extraction, clonotype metrics)
· Python/R expertise and workflow engines (Nextflow, Snakemake, Cromwell)
· Containerization (Docker/Singularity) and GCP services (BigQuery, GCS, Compute Engine, Composer, Pub/Sub)
· CI/CD implementation for pipeline automation
Good to have:
· Experience with transcriptomics repositories (GEO, ArrayExpress, Human Cell Atlas)
· Infrastructure as Code (Terraform)
· Experience in enterprise-scale bioinformatics platforms
Responsibilities:
· Design and implement pipelines for transcriptomics data processing and integration
· Perform clustering, trajectory, differential expression and pathway analysis
· Generate standardized outputs compatible with Seurat, Scanpy, DESeq2, edgeR
· Integrate transcriptomics with immune repertoire datasets
· Develop scalable, modular pipelines with audit logging
· Deploy pipelines in GCP using containerized workflows
· Implement CI/CD for reproducible pipeline execution
· Validate dataset integrity and biological correctness
· Harmonize metadata and map to enterprise models
· Create documentation and support demos/workshops
Acerca de Cognizant
Cognizant (Nasdaq: CTSH) es un creador de soluciones de IA y proveedor de servicios tecnológicos que conecta la inversión en IA con el valor empresarial mediante el desarrollo de soluciones de IA full‑stack para sus clientes. Su profundo conocimiento de la industria, junto con su experiencia en procesos e ingeniería, permite incorporar el contexto único de cada organización en sistemas tecnológicos que amplifican el potencial humano, generan resultados tangibles y mantienen a las empresas a la vanguardia en un entorno en constante cambio. Más información en cognizant.ai o @cognizant.
Información adicional de empleo
La información de compensación es precisa a la fecha de esta publicación. Cognizant se reserva el derecho de modificar esta información en cualquier momento, sujeto a la legislación aplicable.
Es posible que se requiera que los solicitantes asistan a entrevistas en persona o por videoconferencia. Además, es posible que se requiera que los candidatos presenten su identificación actual emitida por el estado o gobierno durante cada entrevista.
Cognizant es un empleador que ofrece igualdad de oportunidades. Tu solicitud y candidatura no serán consideradas en base a raza, color, sexo, religión, credo, orientación sexual, identidad de género, origen nacional, discapacidad, información genética, embarazo, condición de veterano o cualquier otra característica protegida por las leyes federales, estatales o locales.
Si tienes una discapacidad que requiere adaptaciones razonables para buscar una vacante de trabajo o enviar una solicitud, puedes enviar un correo electrónico a [email protected] con tu solicitud e información de contacto.
