Cognizant Technology Solutions is seeking for Techno Functional SME with core background in Bioinformatics, Transcriptomics and GCP Cloud who could join in our team of IT professionals in a permanent role.
Role: Bioinformatics Engineer – Single-cell & Bulk Transcriptomics
Skill set: Bioinformatics, scRNA-seq, Bulk RNA-seq, GCP, Pipeline Engineering
Must have skill:
· Experience processing scRNA-seq and bulk RNA-seq datasets (10x Genomics, SMART-seq)
· Workflows: Cell Ranger, STARsolo, Kallisto Bustools, Alevin/Alevin Fry, Seurat/Scanpy
· Bulk RNA-seq tools: STAR, HISAT2, Salmon, Kallisto, FastQC, Picard, DESeq2, edgeR, limma
· Pipeline capabilities: FASTQ/BCL ingestion, QC, trimming, alignment/pseudo-alignment
· Gene/transcript quantification, normalization, batch correction and feature selection
· Experience in clustering, dimensionality reduction, DE analysis and trajectory inference
· Pathway enrichment, gene signature identification and biological interpretation
· Integration with metadata (cell types, clusters, experimental conditions)
· Experience integrating immune repertoire pipelines (CDR extraction, clonotype metrics)
· Python/R expertise and workflow engines (Nextflow, Snakemake, Cromwell)
· Containerization (Docker/Singularity) and GCP services (BigQuery, GCS, Compute Engine, Composer, Pub/Sub)
· CI/CD implementation for pipeline automation
Good to have:
· Experience with transcriptomics repositories (GEO, ArrayExpress, Human Cell Atlas)
· Infrastructure as Code (Terraform)
· Experience in enterprise-scale bioinformatics platforms
Responsibilities:
· Design and implement pipelines for transcriptomics data processing and integration
· Perform clustering, trajectory, differential expression and pathway analysis
· Generate standardized outputs compatible with Seurat, Scanpy, DESeq2, edgeR
· Integrate transcriptomics with immune repertoire datasets
· Develop scalable, modular pipelines with audit logging
· Deploy pipelines in GCP using containerized workflows
· Implement CI/CD for reproducible pipeline execution
· Validate dataset integrity and biological correctness
· Harmonize metadata and map to enterprise models
· Create documentation and support demos/workshops
Sobre a Cognizant
Cognizant (NASDAQ: CTSH) é uma construtora de IA e fornecedora de serviços de tecnologia, criando a ponte entre o investimento em IA e o valor para as empresas por meio do desenvolvimento de soluções de IA completas para nossos clientes. Nossa profunda experiência em setores, processos e engenharia nos permite incorporar o contexto único de cada organização em sistemas tecnológicos que potencializam a capacidade humana, geram resultados tangíveis e mantêm empresas globais à frente em um mundo em rápida transformação. Saiba mais em cognizant.ai ou @cognizant.
A Cognizant é uma empregadora que investe em equidade. Sua candidatura não será pautada em raça, cor, gênero, sexualidade, credo, origem, deficiência, gravidez ou qualquer outra característica protegida pelas leis brasileiras.
Informações adicionais de emprego
Os candidatos podem ser obrigados a comparecer a entrevistas presenciais ou por videoconferência. Além disso, os candidatos podem ser obrigados a apresentar seu documento de identificação emitido pelo estado ou governo atual durante cada entrevista.
Embora nosso sistema permita a candidatura em todos os idiomas, o(s) idioma(s) e o(s) nível(is) de proficiência exigidos para o trabalho variam. No entanto, é necessário um nível básico de inglês para fins de comunicação em toda a empresa.
A Cognizant é uma empregadora que investe em equidade. Sua candidatura não será pautada em raça, cor, gênero, sexualidade, credo, origem, deficiência, gravidez ou qualquer outra característica protegida pelas leis brasileiras.
Se você tem uma deficiência que requer adaptações razoáveis para procurar uma vaga de emprego ou enviar uma candidatura, envie um e-mail para [email protected] com sua solicitação e informações de contato.
