Cognizant Technology Solutions is seeking for Techno Functional SME with core background in Bioinformatics, Transcriptomics and GCP Cloud who could join in our team of IT professionals in a permanent role.
Role: Bioinformatics Engineer – Single-cell & Bulk Transcriptomics
Skill set: Bioinformatics, scRNA-seq, Bulk RNA-seq, GCP, Pipeline Engineering
Must have skill:
· Experience processing scRNA-seq and bulk RNA-seq datasets (10x Genomics, SMART-seq)
· Workflows: Cell Ranger, STARsolo, Kallisto Bustools, Alevin/Alevin Fry, Seurat/Scanpy
· Bulk RNA-seq tools: STAR, HISAT2, Salmon, Kallisto, FastQC, Picard, DESeq2, edgeR, limma
· Pipeline capabilities: FASTQ/BCL ingestion, QC, trimming, alignment/pseudo-alignment
· Gene/transcript quantification, normalization, batch correction and feature selection
· Experience in clustering, dimensionality reduction, DE analysis and trajectory inference
· Pathway enrichment, gene signature identification and biological interpretation
· Integration with metadata (cell types, clusters, experimental conditions)
· Experience integrating immune repertoire pipelines (CDR extraction, clonotype metrics)
· Python/R expertise and workflow engines (Nextflow, Snakemake, Cromwell)
· Containerization (Docker/Singularity) and GCP services (BigQuery, GCS, Compute Engine, Composer, Pub/Sub)
· CI/CD implementation for pipeline automation
Good to have:
· Experience with transcriptomics repositories (GEO, ArrayExpress, Human Cell Atlas)
· Infrastructure as Code (Terraform)
· Experience in enterprise-scale bioinformatics platforms
Responsibilities:
· Design and implement pipelines for transcriptomics data processing and integration
· Perform clustering, trajectory, differential expression and pathway analysis
· Generate standardized outputs compatible with Seurat, Scanpy, DESeq2, edgeR
· Integrate transcriptomics with immune repertoire datasets
· Develop scalable, modular pipelines with audit logging
· Deploy pipelines in GCP using containerized workflows
· Implement CI/CD for reproducible pipeline execution
· Validate dataset integrity and biological correctness
· Harmonize metadata and map to enterprise models
· Create documentation and support demos/workshops
À propos de Cognizant
Cognizant (NASDAQ : CTSH) est un AI Builder et une entreprise de services numériques (ESN) élaborant des solutions complètes d’IA maximisant les investissements pour des résultats concrets. Sa profonde expertise des métiers, des processus et des technologies lui permet d’intégrer dans les systèmes technologiques le contexte unique de chaque organisation de l’ingénierie à la production à l’échelle. Son objectif : améliorer l’efficacité des équipes, créer de la valeur et permettre aux grandes entreprises de rester performantes dans un monde qui évolue rapidement. Pour en savoir plus : cognizant.ai ou @cognizant.
Renseignments suppplémentaires sur l'emploi
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Vous êtes porteur d'un handicap, vous pouvez-nous contacter par courriel [email protected] si vous souhaitez préciser les aménagements nécessaires pour le poste ou les entretiens à venir.
Les candidats peuvent être invités à participer à des entretiens en face à face ou par vidéoconférence. En outre, les candidats peuvent être amenés à présenter une carte d'identité valide lors de chaque entretien.
