Cognizant Technology Solutions is seeking for Techno Functional SME with core background in Bioinformatics, Transcriptomics and GCP Cloud who could join in our team of IT professionals in a permanent role.
Role: Bioinformatics Engineer – Single-cell & Bulk Transcriptomics
Skill set: Bioinformatics, scRNA-seq, Bulk RNA-seq, GCP, Pipeline Engineering
Must have skill:
· Experience processing scRNA-seq and bulk RNA-seq datasets (10x Genomics, SMART-seq)
· Workflows: Cell Ranger, STARsolo, Kallisto Bustools, Alevin/Alevin Fry, Seurat/Scanpy
· Bulk RNA-seq tools: STAR, HISAT2, Salmon, Kallisto, FastQC, Picard, DESeq2, edgeR, limma
· Pipeline capabilities: FASTQ/BCL ingestion, QC, trimming, alignment/pseudo-alignment
· Gene/transcript quantification, normalization, batch correction and feature selection
· Experience in clustering, dimensionality reduction, DE analysis and trajectory inference
· Pathway enrichment, gene signature identification and biological interpretation
· Integration with metadata (cell types, clusters, experimental conditions)
· Experience integrating immune repertoire pipelines (CDR extraction, clonotype metrics)
· Python/R expertise and workflow engines (Nextflow, Snakemake, Cromwell)
· Containerization (Docker/Singularity) and GCP services (BigQuery, GCS, Compute Engine, Composer, Pub/Sub)
· CI/CD implementation for pipeline automation
Good to have:
· Experience with transcriptomics repositories (GEO, ArrayExpress, Human Cell Atlas)
· Infrastructure as Code (Terraform)
· Experience in enterprise-scale bioinformatics platforms
Responsibilities:
· Design and implement pipelines for transcriptomics data processing and integration
· Perform clustering, trajectory, differential expression and pathway analysis
· Generate standardized outputs compatible with Seurat, Scanpy, DESeq2, edgeR
· Integrate transcriptomics with immune repertoire datasets
· Develop scalable, modular pipelines with audit logging
· Deploy pipelines in GCP using containerized workflows
· Implement CI/CD for reproducible pipeline execution
· Validate dataset integrity and biological correctness
· Harmonize metadata and map to enterprise models
· Create documentation and support demos/workshops
Über Cognizant
Cognizant (NASDAQ: CTSH) i ist ein Technologiedienstleister und Entwickler von KI-Lösungen. Wir schlagen die Brücke zwischen KI-Investitionen und echtem unternehmerischem Mehrwert, indem wir ganzheitliche Full-Stack-KI-Lösungen für unsere Kunden entwickeln. Mit unserer fundierten Branchen-, Prozess- und Engineering-Expertise integrieren wir die spezifischen Anforderungen von Unternehmen passgenau in Technologiesysteme. So entfalten wir das menschliche Potenzial, erzielen greifbare Ergebnisse und sichern globalen Unternehmen in einer sich rasant wandelnden Welt den entscheidenden Vorsprung. Erfahren Sie mehr unter cognizant.ai oder @cognizant.
Zusätzliche Informationen zur Beschäftigung
Die Vergütungsinformationen sind zum Zeitpunkt der Veröffentlichung dieser Stellenausschreibung korrekt. Cognizant behält sich das Recht vor, diese Informationen jederzeit unter Beachtung der geltenden gesetzlichen Bestimmungen zu ändern.
Bewerberinnen und Bewerber können verpflichtet sein, an Vorstellungsgesprächen persönlich oder per Videokonferenz teilzunehmen. Darüber hinaus kann es erforderlich sein, bei jedem Gespräch einen gültigen staatlichen Lichtbildausweis vorzulegen.
Cognizant ist ein Arbeitgeber mit Chancengleichheit. Ihre Bewerbung und Kandidatur werden nicht aufgrund von Rasse, Hautfarbe, Geschlecht, Religion, Glaubensbekenntnis, sexueller Orientierung, Geschlechtsidentität, nationaler Herkunft, Behinderung, genetischen Informationen, Schwangerschaft, Veteranenstatus oder sonstiger durch bundes‑, landes‑ oder kommunalrechtliche Vorschriften geschützter Merkmale berücksichtigt oder abgelehnt.
