Cognizant Technology Solutions is seeking for Techno Functional SME with core background in Bioinformatics, Transcriptomics and GCP Cloud who could join in our team of IT professionals in a permanent role.
Role: Bioinformatics Engineer – Single-cell & Bulk Transcriptomics
Skill set: Bioinformatics, scRNA-seq, Bulk RNA-seq, GCP, Pipeline Engineering
Must have skill:
· Experience processing scRNA-seq and bulk RNA-seq datasets (10x Genomics, SMART-seq)
· Workflows: Cell Ranger, STARsolo, Kallisto Bustools, Alevin/Alevin Fry, Seurat/Scanpy
· Bulk RNA-seq tools: STAR, HISAT2, Salmon, Kallisto, FastQC, Picard, DESeq2, edgeR, limma
· Pipeline capabilities: FASTQ/BCL ingestion, QC, trimming, alignment/pseudo-alignment
· Gene/transcript quantification, normalization, batch correction and feature selection
· Experience in clustering, dimensionality reduction, DE analysis and trajectory inference
· Pathway enrichment, gene signature identification and biological interpretation
· Integration with metadata (cell types, clusters, experimental conditions)
· Experience integrating immune repertoire pipelines (CDR extraction, clonotype metrics)
· Python/R expertise and workflow engines (Nextflow, Snakemake, Cromwell)
· Containerization (Docker/Singularity) and GCP services (BigQuery, GCS, Compute Engine, Composer, Pub/Sub)
· CI/CD implementation for pipeline automation
Good to have:
· Experience with transcriptomics repositories (GEO, ArrayExpress, Human Cell Atlas)
· Infrastructure as Code (Terraform)
· Experience in enterprise-scale bioinformatics platforms
Responsibilities:
· Design and implement pipelines for transcriptomics data processing and integration
· Perform clustering, trajectory, differential expression and pathway analysis
· Generate standardized outputs compatible with Seurat, Scanpy, DESeq2, edgeR
· Integrate transcriptomics with immune repertoire datasets
· Develop scalable, modular pipelines with audit logging
· Deploy pipelines in GCP using containerized workflows
· Implement CI/CD for reproducible pipeline execution
· Validate dataset integrity and biological correctness
· Harmonize metadata and map to enterprise models
· Create documentation and support demos/workshops
Over Cognizant
Cognizant (NASDAQ: CTSH) is een bouwer van AI-oplossingen en een leverancier van technologiediensten. Wij slaan de brug tussen AI-investeringen en ondernemingswaarde door het bouwen van full-stack AI-oplossingen voor onze klanten. Onze diepgaande kennis van sectoren, processen en engineering stelt ons in staat om de unieke context van een organisatie te verankeren in technologische systemen. Deze systemen versterken het menselijk potentieel, realiseren tastbare resultaten en geven wereldwijde ondernemingen een voorsprong in een snel veranderende wereld. Ontdek hoe op cognizant.ai of @cognizant.
Aanvullende arbeidsinformatie
De informatie over de beloning is correct op de datum van deze vacature. Cognizant behoudt zich het recht voor om deze informatie op elk moment te wijzigen, met inachtneming van de toepasselijke wetgeving.
Van sollicitanten kan worden verwacht dat zij gesprekken bijwonen, persoonlijk of via een videogesprek. Daarnaast kan van kandidaten worden gevraagd om tijdens elk gesprek een geldig, door de overheid uitgegeven identiteitsbewijs (zoals een identiteitskaart of paspoort) te tonen.
Cognizant is een werkgever die gelijke kansen biedt. Je sollicitatie en kandidatuur worden niet beoordeeld op basis van ras, huidskleur, geslacht, religie, levensovertuiging, seksuele geaardheid, genderidentiteit, nationale afkomst, handicap, genetische informatie, zwangerschap, veteranenstatus of enige andere eigenschap die wordt beschermd door federale, regionale of lokale wetgeving.
